L’examen clinique complète ensuite cette démarche. Il est lui aussi structuré selon les mêmes subdivisions, c'est-à-dire région cervicale, otologie, rhinologie, cavité buccale, laryngopharynx et maxillo-facial afin de permettre une exploration systématique et comparative des différentes régions ORL. L’ordre de réalisation de ces statuts est à titre indicatif; chacun peut l’adapter selon sa convenance.

Il est recommandé de cibler son examen clinique en fonction de l’anamnèse du patient.