L’examen clinique du pénis se fait debout et/ou couché. L’examen commence par l’inspection du pénis au repos. On observe s’il y a une courbure ventrale, latérale ou dorsale, ce qui suggèrerait une maladie de Peyronie ou une chordée congénitale. La présence de tuméfaction, de lésions ulcéreuses ou verruqueuses oriente vers un côté plus infectieux ou tumoral. Si le patient a une érection involontairement prolongée, dépassant les 4h, en dehors de toute stimulation sexuelle, cela indique que le patient souffre de priapisme. Pour évaluer le pénis en érection (en cas de courbure par exemple), il est possible compléter l’examen clinique en demandant au patient de prendre des photos à domicile (de face et de profil).

Si le patient est non circoncis, on procède à une rétraction douce du prépuce pour examiner le gland. On vérifie s’il existe un phimosis (prépuce non rétractable), ou un paraphimosis (prépuce rétracté bloqué derrière le sillon balano-préputial) qui est une urgence médicale. Le phimosis est physiologique chez les enfants jusqu’à 5 ans. Le gland, la face interne du prépuce et le sillon balano-préputial sont inspectés à la recherche de rougeurssécrétionsulcérations ou lésions évocatrices de balanite si seul le gland est touché, ou de balanoposthite si le prépuce est également touché par l’infection. Le prépuce peut être en forme de tablier de sapeur, c’est à dire un prépuce incomplètement fermé, ouvert en face ventrale, le pénis n’a pas de frein. Cette malformation est souvent associée à un hypospadias.

Lorsque le prépuce est rétracté, on peut observer le frein du pénis. Un frenulum breve (ou frein court) peut mener à une courbure ventrale de l’extrémité du pénis. Il est aussi possible qu’il se déchire lors des rapports sexuels.  

Les anomalies du méat urinaire sont mentionnées plus haut.